狂飞阳的回答：
有种假说
线粒体和叶绿体是原核生物被真核生物吞噬，但没有被消化，后来共生在一起形成的
原核生物本身有一层细胞膜，被吞噬的时候是胞吞作用，会再包上一层真核生物的细胞膜，所以就有两层膜了
研究发现，线粒体和叶绿体外膜成分类似于真核生物细胞膜，而内膜成分与原核生物较为相近，这很好的证明了这一假说。
为什么叶绿体和线粒体有双层膜？
热心网友的回答：
线粒体和叶绿体内含有少量的dna，dna是大部分生物的遗传物质，所以线粒体和叶绿体有一定的自主複製能力，这就与细胞内其他的细胞器有很大的不同。其他的细胞器都是依靠与细胞核内的dna複製而产生或减少，而线粒体和叶绿体可自主複製，扩充数量。
线粒体和叶绿体的内膜具有其他质膜所特有的选择透过性，而外膜则不明显，而且其内膜往往是代谢活动较为旺盛，例如线粒体的内膜是呼吸传递链的主要反应场所。
这些证据都表明线粒体和叶绿体的起源，是一种长期进化的结果。在起源之初，他们都只是独立生活的单细胞生物，由于生物可以通过内吞或外排的方式吸收某些营养或释放出代谢产物，所以这些单细胞生物有可能被比其相对较大或相对较高阶的生物通过内吞形式吞入体内，但却并没有被杀死，而是利用他们的代谢能力来维持更高阶别生命的需要。所以长期进化后，他们逐渐相安无事，这些单细胞生物也变成了其他生物的一部分而存在了。
但其进化的最初状态被不经意的保留了下来，即双层膜，这也就是当初被吞噬的状态。
为什么线粒体和叶绿体要又两层膜?
手机使用者的回答：
按照内共生学说的观点，细胞形成之初，大细胞内吞小细胞，小细胞便在大细胞内形成细胞器共生，吞的是蓝藻就变成了叶绿体，是细菌就就变成了线粒体，由于小细胞本身就有一层细胞膜，再加上内吞后大细胞包裹它的一层膜就形成了两层膜。
为什么线粒体具有双层膜结构，而叶绿体具有三层膜结构？
热心网友的回答：
所谓的「第三层膜」应该指构成基粒的膜，从动态结构分析，不同于一般意义上的内膜和外膜。
楼主如果注意叶绿体的形成与**可以发现，形成基粒的膜完全**于内膜的内折，从这点上说，类似于线粒体的嵴。而且与嵴的动态过程类似，基粒的结构和组成也是与代谢功能高度相关的。
但是，可以肯定的是，基粒形成之后，类囊体腔与叶绿体的基质是隔离的。从拓扑学上说，也可以视为独立的第三层膜。这种隔离在光合作用和代谢途径中都有极为重要的作用。
楼主的问题就在这里。多注意膜蛋白，尤其是电子传递链在膜上的分布，注意代谢途径和膜的动态转化，楼主的问题自然迎刃而解。
另外，定位于类囊体内的蛋白需要一段单独的n端序列也间接证明类囊体腔与基质是分隔的。
当然，还取决于楼主对膜的定义。我认为，如果把膜定义为功能的组分，用膜蛋白来表徵膜，那么说叶绿体有三层膜是完全正确的。
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