化学合成信息作为化学研究和工业应用中不可或缺的资源,对于我们从事合成工作、药物研发及相关领域的人士来说,了解化合物的合成信息是非常必要的。通过挖掘化合物的信息,可以更好地理解其性质和结构,推断其可能的反应活性和生物活性,为有目的的合成提供理论指导。
如何查找高质、完整的反应数据?如何获取反应的相关文献、专利?如何查看相关反应描述?如何逆向推导合成路径与原料?不知道大家会不会烦恼合成信息查询不到!为此笔者科普一个有机物合成信息查询的数据库,简简单单三步法!
查询步骤:
①进入摩熵化学
②在首页输入目标有机物,进行检索
③列表页点击物质名称,进入详情页,查看反应信息(合成信息)
图源:摩熵化学
适用人群(化学方面)
有机化学领域:
分析化学领域:
物理化学领域:
摩熵化学合成数据库的核心优势
摩熵化学合成数据库,拥有超过5000万条反应数据,摩熵化学MolAid深度挖掘、提取文献专利中的反应信息, 为您提供千万实验条件。摩熵化学MolAid为用户提供化合物作为反应物、产物、试剂、溶剂及催化剂的所有已发表文献和专利中的反应信息,使之能够清楚快捷的查询到需要的反应信息及期刊信息。反应数据支持溯源,完整的参考文献信息可追溯到原文,方便我们参考,实现反应创新、优化合成线路。目前数据库已实现自动化更新,反应量在不断增长,合成信息查询方式多样,以支持有机化学、材料化学、生物医药等领域用户快速获取合成信息。
1.合成信息查询方式:
摩熵化学合成数据库为满足有机化学领域的研究需求,精心打造了化学有机物反应信息模块,数据库提供了多种搜索选项,包括快速搜索和结构式搜索。
(1)一键检索
在数据库的主页面搜索栏中,用户只需输入搜索关键词即可执行快速检索。这些关键词涵盖化合物名称、CAS、InChi、inChiKey、MDL、EINECS、Beilstein等。
(2)结构式检索
在使用结构式搜索功能时,需在结构编辑器上绘制结构式。目前,已知化合物数量早已突破亿级,其中较为复杂的化合物的占比越来越多,它们标准的系统名称自然就更复杂。这种情况下通过化合物名称检索并不方便。在面对复杂化合物,我们可以采取绘制结构进行查询,检索模式分为精确检索、子结构、相似性检索。并且结构式检索功能可以利用化学标识符来导入结构,也可直接选择预设模板、常用基团和溶剂快速绘制。
2.合成信息检索结果页面介绍
不同的检索方式其检索的结果会有所差别,但实质信息是不变的。在摩熵化学合成数据库的一键搜索结果界面中,包含了有机物合成信息内容,提供了反应式、反应详情,其中反应详情包含反应描述和参考文献,在反应信息处,可快捷筛选文献、专利信息。并且大家可以根据需求,自定义排序,可按照时间正序、倒序、以及期刊I F值倒序进行排列。
点击参考即可查看关于该条反应相关的参考文献信息,包括标题、作者、摘要、DOI、发布年份、期刊名等内容。点击右上角的“引用”,便会跳出标准的引用格式。除此之外,专利类文献还可选择“查看原文”字样,点击右上角的下载按钮图标即可下载原文。在页面的左侧,有筛选框可以进行二次筛选,更精确的搜索使之能够更快捷的找到反应中适用的化合物。如:物质角色、反应条件、反应物、产物、产量、溶剂、试剂、催化剂、公开年份、来源等。
并且支持导出功能,点击右上角的“导出”,输入需要导出的数量,最大支持导出前100条反应信息,下载成功后就可以随时随地查看反应信息。结构式检索出来的合成信息内容与一键检索结果一致,这里就不再详讲了。
图:导出的合成(反应)信息
3.反应检索功能
不知大家是否遇到过这样一个难题,已经确定某个物质或两个及以上物质,它们担当着产物或反应物或试剂溶剂催化剂等其它角色,需要寻找特定的反应。但专业的反应检索工具应该在哪里找呢?摩熵化学MolAid专研的反应检索功能,通过定义多个物质的多个角色,可以更快地根据已知信息获取目标反应方法,加速研究进程。
图:反应检索使用方式
例如,我在首页输入框内输入“水杨酸”点击确认。随后,将光标放置于“反应检索”字段上,或直接点击该功能,出现定义角色的下拉菜单。这里我把水杨酸作为产物。也可点击该物质名称或者右侧的物质信息此模块直接进入物质详情页,在右上侧点击“反应检索”。大家可以根据自己的需求定义物质角色,这个摩熵化学数据库官方说的是目前最多可支持定义五个物质的角色。这里我们再搜索“L-缬氨酸”和“2-溴苯甲醚”作为反应物。
在这页面中部靠右的位置会出现一个反应检索的图标,我们进行查看,选择添加的物质及各物质定义的角色是否无误。没有问题的话就点击“立即检索”,得到目标反应信息。在该页面的上方,有修改功能可进行二次更改。其他操作和直接查看物质反应信息其实是一样的,我就不过多介绍了。
4.物质逆合成检索
物质逆合成检索,它一种从产物(目标分子)出发,逆向推导出可能的合成路径和原料的方法。这种方法通过逆向思维,将复杂的合成问题分解为一系列相对简单的步骤,从而找到最优的合成路线。近年来,逆合成分析在合成路线设计中的应用变得更加高效和精确。
图:物质逆合成检索使用方式
我们首先明确需要合成的目标分子,包括其结构式、化学性质等,查询该物质后进入检索列表,例如我们查询“白藜芦醇”,点击右侧“逆合成”模块进入逆合成页面。基于历史文献,专利等信息,摩熵化学提供了多条反应信息逆向推导,直到最终得到易得或商业化的原料为止。进入该页面后,左上角可通过“+”“-”符号进行页面的放大与缩小,也可以滑动鼠标进行。
在绘制区域,可点击“⊕”号进行下一步分析,也可通过更换条件来确认原料,只需点击绘制框内的“更换反应”进行更换。在此页面,我们可以进行筛选,包括反应条件、反应物、产物、产率等内容。
下方有众多路线说明信息。包括其反应描述以及参考文献,点击参考文献即可参看相应内容,如:文献名称、摘要、DOI 、发布年份、期刊等内容。逆合成功能支持导出结果,在下方路线说明那里,自行勾选相应的反应描述后,点击右上角的“导出图片”,即可下载。无论是用于学术报告、项目提案还是实验室记录,都能实现无缝对接与高效利用。
5.合成计划
在做合成反应时,我们通常已知最终目标物质,检索出多条该物质作为产物的反应信息,但仅限于最终步骤。此时若已知起始原料,由起始原料A到最终产物B,合成计划可以帮助我们找到直线距离最短的合成路线,相信这也是许多化学人路线设计的终极追求!
合成计划是分子路线设计的有效工具。通过简单操作即可迅速获取高参考价值的合成路线,显著提升分子合成方案的设计效率。
图:合成计划使用方式
那怎么操作?这里我就介绍一下!!我们在检索物质时,需要确认起始原料与目标产物。在摩熵化学MolAid首页输入框内输入物质名称,检索后在物质右侧的“合成计划”模块,进行选择。包括“作为起始原料”和“作为目标产物”。 例如,我们选择4-甲氧基苄醇作为原料,产物为白藜芦醇。随后,会弹出一个“温馨提示”,我们点击“确认”,前往合成计划。选择想要的最短路径(目前版本最多支持5步),输入步数后点击开始,随后就会开始构建合成路线。
得出结果后,可以点击左上角的“+”“-”或滑动鼠标进行放大、缩小。在页面的左上角,我们可以根据自己的需求对该计划进行命名,方便后续查看。在页面右侧、左侧中部有按钮可进行路线查看切换,通常一个页面有5条路线说明,下方的路线会随着绘制面板中的路线图的变化而变化。
想查看该路线的详细信息,则鼠标下滑点击对应路线即可查看。点击下方路线名称,如:“路线1”“路线2”,可以看见每一步的相关反应,包括结构式、反应描述、参考文献等,点击参考文献即可查看相应内容,如:文献名称、摘要、DOI 、发布年份、期刊等内容。